它由大额实时支付系统(High Value Payment System,HVPS)、小额批量支付系统(Bulk Electronic Payment System,BEPS)、网上支付跨行清算系统(Internet Banking Payment System,IBPS)和境内外币支付系统等组成。
1.大额实时支付系统
大额实时支付系统2002年10月投入使用，2013年10月升级为第二代，主要处理大额贷记支付业务和紧急的小额贷记支付业务。2015年参与机构清算账户归并完成后，商业银行全面实现了“一点接入，一点清算”。大额实时支什系统能够为银行业金融机构和金融市场提供快速、高效、安金、可靠的清算服务，有力支持了人民币跨境支付业务，实现了跨行资金清算零在途，是支持货币政策实施和维护金融稳定的重要金融基础设施。
2.小额批量支付系统
小额批量支付系统2005年11月投入使用，2013年10月升级为第二代，为广大企事业单位和居民个人提供全天候不间断的支什服务。自2015年7月11日起，节假日期间，小额批量支付系统业务限额上调为50万元。工作日期间，小额批量支付系统可支持5万元以下的汇兑业务，以及不限金额的实时借记、定期借贷记、集中代收付等特色业务。居民个人可通过该系统方便地进行水费、电费、煤气费等日常缴费;企事业单位可以委托开户银行及时向不同地区、不同银行开户的员工发放工资和养老金等费用，为社会公众的居家生活带来实实在在的方便。
3.网上支付跨行清算系统
网上支付跨行清算系统2010年8月投产，是第二代支付系统率先投产的业务系统，支持网上支付等新兴电子支付业务的跨行(同行)资金汇划处理，能满足用户全天候的支付需求。为进一步提升系统处理效率，中国人民银行2016年对网上支付跨行清算系统业务处理模式进行了优化，将“实时转发、实时轧差”改为“实时转发、定时轧差”，解决了大业务量参与者可能面临的热点账户问题，进一步改善了用户体验。用户通过网上支付跨行清算系统，可以足不出户办理跨行账户管理、资金汇划、资金归集等多项业务，并可实时在线获取业务的处理结果，有力支持了我国电子商务的发展。
4.境内外币支付系统
境内外币支付系统2008年4月28日投产。中国人民银行委托中国银行、中国工商银行、中国建设银行和上海浦东发展银行为境内外币支付系统的四家结算行，分别代理港币、英镑、欧元、日元、加拿大元、澳大利亚元、瑞士法郎和美元8个币种的支付业务结算，支付指令逐笔发送，实时全额结算，满足了国内对多个币种支付的需求，提高了结算效率和信息安全。
